Подоходный налог высчитывается с заработной платы в размере 13%, остальные налоги (пенсионный, страховая часть) перечисляет работодатель.
Нужно получить на руки заверенную справку формы 2 НДФЛ за последние 3-6-12 месяцев. В этой справке указывается "грязный" оклад, т.е. зар.плата + 13%.
Потом так же запросить остатки по ведомостям за последние 3 месяца.
Сравниваешь 2 НДФЛ и ведомости, и если не сходится, нужно обратится в УБЭП или ОБЭП. Прокуратура узаконенная банда, толку может и не дать. БЭП в большенстве случаях, даст выхлоп.