Приведу пару выдержек из НК, из них всё ясно.
Статья 211. Особенности определения налоговой базы при получении доходов в натуральной форме
1. При получении налогоплательщиком дохода от организаций и индивидуальных предпринимателей в натуральной форме в виде товаров (работ, услуг), иного имущества, налоговая база определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг) иного имущества, исчисленная исходя из их цен, определяемых в порядке, аналогичном предусмотренному статьей 40 настоящего Кодекса.
При этом в стоимость таких товаров (работ, услуг) включается соответствующая сумма налога на добавленную стоимость, акцизов и исключается частичная оплата налогоплательщиком стоимости полученных им товаров, выполненных для него работ, оказанных ему услуг.
2. К доходам, полученным налогоплательщиком в натуральной форме, в частности, относятся:
1) оплата (полностью или частично) за него организациями или индивидуальными предпринимателями товаров (работ, услуг) или имущественных прав, в том числе коммунальных услуг, питания, отдыха, обучения в интересах налогоплательщика;
2) полученные налогоплательщиком товары, выполненные в интересах налогоплательщика работы,
оказанные в интересах налогоплательщика услуги на безвозмездной основе или с частичной оплатой;
3) оплата труда в натуральной форме.
Статья 45. Исполнение обязанности по уплате налога или сбора
1. Налогоплательщик обязан самостоятельно исполнить обязанность по уплате налога, если иное не предусмотрено законодательством о налогах и сборах.
А отвечая же на первоначальный вопрос о возможности возмещения уплаченного налога, отвечу, что возмещение и/или взыскание с налогового агента уплаченного (в данной ситуации - материнской фирмы) НДФЛ НК РФ не предусмотрено. Поэтому придётся либо урегулировать вопрос с работодателем, чтобы уплаченный НДФЛ включили в заработную плату, либо забыть об этом
Скорее всего, материнская фирма неправильно учла израсходованные средства, т.к. их списание, допустим, на представительские расходы никакой уплаты НДФЛ не предусматривало бы.